Skip to main content

Running X-Window application without a screen

Batch processing of beautifying phylogenetic trees
I prefer to use treedyn when I decorate many number of phylogenetic trees at  one time. In use on Linux desktop, my Perl script works well to convert from raw trees to beautified trees. However,  it was stopped at running of treedyn because Tcl of treedyn essentially required a DISPLAY of X-Window when the script was integrated into an Web application.
Xvfb (X virtual framebuffer) presents a virtual screen for user or program, which works only on memory not real video device. And xvfb-run.sh, a script of Xvfb, is an utility for command line program.
$ xvfb-run.sh my_script.pl -infile tree.phy -outfile tree.ps
Please see details of xvfb-run.sh  in Dascalita's very concise post.


Additional comments
Chevenet, the author of treedyn, and Christen recently published ScripTree that is more flexible and functional program for script developers. This ScripTree is also required to use Xvfb in case of background execution without a screen even the program presents built-in CGI interfaces.

References
Labels:

Comments

Post a Comment

Popular posts from this blog

[왜#1] 똑같은 환경의 방안에 둔 금속이 종이나 나무보다 더 차가운건 왜일까?

여름이든 겨울이든 방안에  둔 금속이 종이나 나무로 만들어진 것 보다 훨씬 차갑다는 것은 다 아는 사실이다. 금방 냉장고에 꺼낸것이 아니라 2-3시간에 그냥 둔 것이니 책이나 캔의 온도는 같아야 할텐데 우리가 손을 데면 금속이나 액체를 담은 팩이 훨씬 차다. 갑자기 우리 딸아이가 이런 것을 질문하면 어떻게 답해야할까? 라는 생각이 들었다. 전공시간에 열역학을 배우긴 했지만... 결국 구글링과 여러 링크를 서핑한 결과 두 가지 단서를 찾을 수 있었고, 나름 결과를 정리해본다. "온도감각은 현재의 온도가 아니라 온도변화율에 반응한다" 피부가 온도를 느끼는 것은 주로 온각섬유 warm receptor와 냉각섬유 cold receptor가 각각 작용한다(1). 참고자료를 꼼꼼히 읽어보면 각 섬유세포의 역치(threshold)에 대해서 나오는데 단위가 [온도/시간]이다. 온각의 역치는 0.001 ℃/sec , 냉각의 역치는 0.004 ℃/sec 이며 공통으로 약 3초 후에 순응한다. 즉, 사람은 초당 온도가 얼만큼 변화는 가에 따라 온도를 느끼는 정도가 달라진다는 것이다. 겨울에 바람이 많이 부는 날은 체감온도가 낮아지는 이유도, 어느정도 따뜻해진 옷속의 공기를 계속 차갑게 하면서 변화율을 높이기 때문인 것이다. 결국 방안의 물건들이 같은 온도임에도 불구하고 금속성 물질과 종이로 만들 것을 만질때 감각의 차이는 온도변화율에 기인하는 것임을 알 수 있다. 다음으로  "접촉한 두 물질의 종류에 따라서 온도변화율이 달라지는가"에 대한 의문이 꼬리를 문다. 몇 가지 키워드로 자료를 찾다보면 "열전달 heat transfer", "열전도율 heat conductivity"이라는 용어를 접할 수 있다(2). 사실은 이공계 출신이라 전도율이라는 단어는 금방 떠올라서, '온도 전도율'로 검색했더니 올바른 표현인 '열전도율' 자료를 찾을 수 있었다. &qu
1 comment
Read more

NGS를 위한 생물정보 프레임워크의 필요성

최근 차세대염기서열결정법(NGS)이 각 생물학 연구에서 주요한 도구로 활용됨에 따라 생물정보 분석 서비스를 위한 하드웨어 및 소프트웨어 일체를 NGS에 맞출 필요가 있습니다. NGS는 기존 염기서열결정법에 비해 짧은 서열을 대규모로 생산하므로 이에 맞춰 메모리 활용이나 병렬 계산법이 적극적으로 적용된 소프트웨어가 개발되고 있고, 따라서, 최적의 성능을 발휘하기 위한 하드웨어의 구성도 함께 필요한 것입니다. 최근 발간된 보고서(The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC. See on  YouTube )에 따르면 NGS를 이용하는 연구자들의 이슈 중에서 가장 어려운 문제로, 분석 소프트웨어의 성능 개선으로 조사되었음. 또한 플랫폼 관리 및 스토리지 문제를 포함하면 생물정보 관련 문제가 29%나 차지하고 있습니다. 그림 1. Most Significant Improvement to Your Next Generation Sequencing Workflow (출처: The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC) 또한 이 보고서에 따르면, 현재의 연구 환경에서 연구자들이 느끼는 가장 큰 병목 지점으로 워크플로우(work flow)의 투명한 관리에 있다고 합니다. 즉, 워크플로우를 이용한 여러 단계의 심층 분석의 결과와 각 단계별 결과의 이력을 투명하게 관리하는 정보공학적 플랫폼이 가장 큰 병목 문제로 지목하였습니다. 이와 함께 워크플로우의 아웃소싱을 전략적으로 수행하기 위한 체계 구축도 중요한 이슈로 부각되었습니다. 오믹스 프로젝트가 생물학자, 시스템관리자, 개발자, 생물정보학자 등 다양
Post a Comment
Read more

Out-focusing of Lens

Photo 1. A toy car, a trial of out-focusing Yesterday I went to a photo studio, LemonTerrace Dongtan-branch , to take pictures of my son for celebrating the first birthday of him, " Dol ", a Korean word. The host of the studio, a specialist of camera, taught how to use my DSLR camera (EOS1000D) in details. Especially he demonstrated the out-focusing technique in case-by-case. A simple protocol for the beginner of DSLR user is the following; (1) Set 'Av' mode of your camera, (2) Set max number of ISO , my case is 1400, (3) adjust the distance between the camera and the subject as close as possible, (4) check shutter's speed by half pressing shutter button, (5) the speed should be lower than 1/60, (6) if too lower eg. 1/125, change ISO to be lower, (7) if higher speed, adjust the distance or set higher ISO, and (8) take a picture by full pressing. And he highly recommended for me to change my camera lens for portraits, 30 mm f/1.4 . The studio facilities and peo
Post a Comment
Read more