신호와 의미 / Signal & Semantics

최근 차세대염기서열결정법(NGS)이 각 생물학 연구에서 주요한 도구로 활용됨에 따라 생물정보 분석 서비스를 위한 하드웨어 및 소프트웨어 일체를 NGS에 맞출 필요가 있습니다. NGS는 기존 염기서열결정법에 비해 짧은 서열을 대규모로 생산하므로 이에 맞춰 메모리 활용이나 병렬 계산법이 적극적으로 적용된 소프트웨어가 개발되고 있고, 따라서, 최적의 성능을 발휘하기 위한 하드웨어의 구성도 함께 필요한 것입니다. 최근 발간된 보고서(The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC. See on  YouTube )에 따르면 NGS를 이용하는 연구자들의 이슈 중에서 가장 어려운 문제로, 분석 소프트웨어의 성능 개선으로 조사되었음. 또한 플랫폼 관리 및 스토리지 문제를 포함하면 생물정보 관련 문제가 29%나 차지하고 있습니다. 그림 1. Most Significant Improvement to Your Next Generation Sequencing Workflow (출처: The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC) 또한 이 보고서에 따르면, 현재의 연구 환경에서 연구자들이 느끼는 가장 큰 병목 지점으로 워크플로우(work flow)의 투명한 관리에 있다고 합니다. 즉, 워크플로우를 이용한 여러 단계의 심층 분석의 결과와 각 단계별 결과의 이력을 투명하게 관리하는 정보공학적 플랫폼이 가장 큰 병목 문제로 지목하였습니다. 이와 함께 워크플로우의 아웃소싱을 전략적으로 수행하기 위한 체계 구축도 중요한 이슈로 부각되었습니다. 오믹스 프로젝트가 생물학자, 시스템관리자, 개발자, 생물정보학자 등 다양