신호와 의미 / Signal & Semantics

Photo 1. A toy car, a trial of out-focusing Yesterday I went to a photo studio, LemonTerrace Dongtan-branch , to take pictures of my son for celebrating the first birthday of him, " Dol ", a Korean word. The host of the studio, a specialist of camera, taught how to use my DSLR camera (EOS1000D) in details. Especially he demonstrated the out-focusing technique in case-by-case. A simple protocol for the beginner of DSLR user is the following; (1) Set 'Av' mode of your camera, (2) Set max number of ISO , my case is 1400, (3) adjust the distance between the camera and the subject as close as possible, (4) check shutter's speed by half pressing shutter button, (5) the speed should be lower than 1/60, (6) if too lower eg. 1/125, change ISO to be lower, (7) if higher speed, adjust the distance or set higher ISO, and (8) take a picture by full pressing. And he highly recommended for me to change my camera lens for portraits, 30 mm f/1.4 . The studio facilities and peo

Motivation Zhou et al . presented that an unique 30-amino-acid deletion in Nsp2-coding region is a key feature to classify whether a strain is a highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV). And the Nsp2, nonstructural protein 2, has been shown to undergo remarkable genetic variation, primarily in its middle region, while exhibiting high conservation in the N-terminal putative protease domain and the C-terminal predicted transmembrane region ( Han et al . 2007 ). This post aims to show how to find a quite large deletion in a specific coding-region with positional tolerance. Figure 1. The 30-Amino-Acid Deletion in the Nsp2 of Highly Pathogenic PRRSV.  ( Zhou  et al.  2009 ) Method and Implementation Pairwise alignment between a sequence of interest and a reference sequence (ORF1a of VR-2332 strain) is an essential step for finding insertions and/or deletions, shortly indels. The two sequences were aligned with BLAST (Altschul et al. 1999), e

Batch processing of beautifying phylogenetic trees I prefer to use treedyn when I decorate many number of phylogenetic trees at  one time. In use on Linux desktop, my Perl script works well to convert from raw trees to beautified trees. However,  it was stopped at running of treedyn because Tcl of treedyn essentially required a DISPLAY of X-Window when  the script was integrated into an Web application. Xvfb (X virtual framebuffer) presents a virtual screen for user or program, which works only on memory not real video device. And xvfb-run.sh , a script of Xvfb, is an utility for command line program. $ xvfb-run.sh my_script.pl -infile tree.phy -outfile tree.ps Please see details of xvfb-run.sh  in Dascalita's very concise post . Additional comments Chevenet, the author of treedyn, and Christen recently published ScripTree that is more flexible and functional program for script developers. This ScripTree is also required to use Xvfb in case of background execution without

애플의 아이폰4를 기다리다가 지쳐 결국은 안드로이드 폰으로 교체를 했습니다. 그전에 쓰던 스마트폰은 삼성의 블랙잭으로 MITS 사용자 포럼에서 WM6.2 롬을 업그레이드후에는 그럭저럭 쓸많했지만, 너무 힘겨운 웹 브라우징과 안스러운 카메라 기능 때문에 기종 변경을 결심했습니다. 잠시, 블랙잭에서 주로 사용하던 어플리케이션을 살펴보면, 주소록 관리 : 구글 Contact 연동으로 800건 가까이 되는 연락처를 관리했습니다. 기본 주소록에서 초성 검색이 잘되는 편이고, 롬 업그레이드 이후에는 속도도 만족할 만 했습니다. 전자우편 : 구글 Exchgane 서버를 이용한 Gmail연동을 주 메일 관리자로 사용했습니다. 쿼티자판이 있어 꽤 편리하고 빠르게 글을 작성할 수 있었습니다. 트윗 : MoTweet을 이용했는데, 글 작성은 편리했지만 작은 스크린 때문에 가끔 긴 글을 읽을 때는 스크롤 경계에서 읽기 어려운 경우도 많았고, 사진을 업로드하면 아주아주 오래 걸리거나 먹통이 되는 경우가 많았습니다. 페이스북 : 마이크로소프트에서 제공하는 Facebook 어플리케이션을 이용했습니다. 주로 읽기 전용이였고, 글 작성은 대부분 PC에서만 했습니다. 음성녹음 : 지금 세 돌, 7개월 된 아이들의 목소리를 녹음하는데 사용했답니다. 아이들의 목소리를 그들이 컸을 때 들려주고 싶더군요. 전화벨 소리로 지정하는 것도 쉬워서 꽤 재미있는 전화벨 소리를 세팅할 수 도 있었답니다. 검색 : 구글 어플리케이션을 설치했습니다. 미국 사이트로 들어가야 어플리케이션을 다운 받을 수 있었답니다. 급한 키워드 검색과 지도 검색은 꽤 요긴하게 사용했습니다. 카메라 : 카메라 화질이 나빠서 가끔 사용했습니다. 동영상도 찍기는 했지만 PC로 다운 받는 것도 번거럽더군요. 이렇게 정리하다보니 나름 블랙잭을 십분 활용했다는 생각이 드는군요.  100메가 데이터에 대해서 매월 5000원의 정액요금을 냈지만 한번도 용량을 초과한 적은 없습니다. 이렇게 제대로 활용했지만 최소 3일에 한번씩은

30개월을 막 넘기시작한 첫 째 딸, 은채는 두 음절 이상은 어려워하는 것 같다. 요즘 주로 하는 말들과 그 뜻을 정리해본다. (언젠가 아이 크고나서 이런 날들을 잊고 싶지않아서 남기는 포스트..) 아깜~ : 아, 깜짝이야! 씨꺼 : 시끄러워 (주로 TV 소리가 클 때) 고마~ㅂ: 고맙습니다. 은채민 : 은채 비타민(약국에서 파는 뿡뿡이 비타민류를 말함) 피커 또는 티커: 스티커 알탕 : 사탕 초쿄 : 작고 검은색 종류의 먹을 수 있는 모든 것 (심지어 홍삼, 청국장환 등) 이야 : 은우. 아내와 내가 "은유야~"라고 부르는 것이 이렇게 들리는 모양이다. 태~ : 책 라멘 : 라면. 꽤 정확한 일본식 발음을 한다. ㅎㅎ 아이스미 : 아이스크림 (응용사례: 초코아이스미)

이제 갓 두 돌이 지난 큰 아이와 지난 달에 몸을 푼 아내... 오랜만에 매콤한 부산식 돼지 두루치기가 먹고 싶다고 한다. 총각시절에 몇 번 해봤지만 모두 실패해서 왠지 걱정되어, 다시 구글링을 했다. 미즈의 삐삐언니 - 일단 사진이 내가 먹던 것과 가장 비슷했다. (참고로 구글링에서 가장 먼저 나온 페이지!) 다음 지식 - 사진만 봐서는 조금 팍팍한 느낌! (댓글에도 내 생각과 동감하는 글이 있군!) 몇 가지 다른 페이지도 있지만, 약간의 재료 차이만 있다. 한 블로그에서는 소주를 듬뚝 넣고 볶는 다는 점이 인상적이였다. 일단 대략의 요리방법은 기억해두었지만, 이제 막 식탁에서 엄마, 아빠와 같이 먹기를 좋아하는 딸이 먹을 만한 요리를 동시에 할수 없을까 고민이다. 먼저 떠 오른 것은 돼지를 후추, 다진마늘을 조금 넣고 맥주에 익혀서 기름빼고, 다시 굽거나 매운 양념을 빼고 볶아주는것... 아니면 그대로 수육으로 먹을까? 돼지두루치기 양파, 당근, 대파, 느타리버섯, 청양고추도톰하게 썰어 준비하구요 고추장+고춧가루+설탕+물엿+후추+다진마늘+간장+참기름 넣어 양념장 만들어 고기를 재웁니다 잘 안익는 당근과 양파는 고기랑 같이 볶을거니깐 같이 양념에 버무려 주세요 기름 없는 팬에 재워둔 고기 볶다가 고기가 익으면 버섯, 대파, 청양고추 넣고 슬쩍 볶아 불 끄세요. - 미즈의 삐삐언니 두루치기는 단맛이 조금 나는 게 좋은데, 이 때 설탕이나 물엿을 쓰지 않고 매실액기스 를 쓰면 고기도 부드러워지고 아주 순한 단맛이 나서 너무 좋다!