The Sunflower ㅎnㅂrㄹrㄱi

NGS를 위한 생물정보 프레임워크의 필요성

2012-01-11T18:50:00.000+09:00

최근 차세대염기서열결정법(NGS)이 각 생물학 연구에서 주요한 도구로 활용됨에 따라 생물정보 분석 서비스를 위한 하드웨어 및 소프트웨어 일체를 NGS에 맞출 필요가 있습니다. NGS는 기존 염기서열결정법에 비해 짧은 서열을 대규모로 생산하므로 이에 맞춰 메모리 활용이나 병렬 계산법이 적극적으로 적용된 소프트웨어가 개발되고 있고, 따라서, 최적의 성능을 발휘하기 위한 하드웨어의 구성도 함께 필요한 것입니다.

최근 발간된 보고서(The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC. See on YouTube)에 따르면 NGS를 이용하는 연구자들의 이슈 중에서 가장 어려운 문제로, 분석 소프트웨어의 성능 개선으로 조사되었음. 또한 플랫폼 관리 및 스토리지 문제를 포함하면 생물정보 관련 문제가 29%나 차지하고 있습니다.

그림 1. Most Significant Improvement to Your Next Generation Sequencing Workflow (출처: The Global Outlook for Next Generation Sequencing: Usage, Platform Drivers & Workflow, October 31, 2011. BioInformatics, LLC)

또한 이 보고서에 따르면, 현재의 연구 환경에서 연구자들이 느끼는 가장 큰 병목 지점으로 워크플로우(work flow)의 투명한 관리에 있다고 합니다. 즉, 워크플로우를 이용한 여러 단계의 심층 분석의 결과와 각 단계별 결과의 이력을 투명하게 관리하는 정보공학적 플랫폼이 가장 큰 병목 문제로 지목하였습니다. 이와 함께 워크플로우의 아웃소싱을 전략적으로 수행하기 위한 체계 구축도 중요한 이슈로 부각되었습니다. 오믹스 프로젝트가 생물학자, 시스템관리자, 개발자, 생물정보학자 등 다양한 유형의 인력이 협업을 해야하고 문제를 해결하기 위한 워크플로우 자체가 복잡하게 얽혀 있어서 어떤 부분을 나누어서 아웃소싱을 해야할 지 업무를 분장하기 어려운 것입니다.

이러한 경향은 NGS 고유의 문제라기보다는 소프트웨어의 일반적인 경향으로 파악할 수 있으며(그림 2, from www.geospiza.com), 우수한 품질의 소프트웨어 서비스를 개발하기 위해서는 하드웨어, 소프트웨어, 휴먼웨어의 상생적 역할이 중요하다고 생각합니다. 게다가 NGS는 새로운 분석 프로토콜이 다양하게 공개되고 있으므로 신속하게 수용하고 서비스할 수 있는 체계가 필요합니다.

다음 글에서는 오픈소스와 상용 소프트웨어어 프레임워크에 대해서 다뤄 보겠습니다.

그림 2. 소프트웨어 빙산, 편리한 화면요소와 신뢰성 높은 알고리즘을 위해서는 내제된 많은 요소기술이 뒷받침되어야 함 (www.geospiza.com)

Collecting meta data from Entrez

2011-05-26T11:27:00.002+09:00

It's often to show growth of sequence data of interest when one writes research proposal. For an example, you requires to collect number sequences from agricultural organisms and compare it to human if you want to explain how sequences regarding to agricultures grow faster than human data. Usually the gross statistics of GenBank, is posted on NCBI's Web page, might be not enough to describe details of the data growth.

By using show index, preview, and limit functions in Entrez, you can quickly collect meta information like number of entries.

dbEST	Total records	Records for last 3 years	Growth rate for last 3 years
human	8,315,231	177,492	2.1%
mouse	4,853,547	3,289	0.1%
cattle	1,559,494	45,232	2.9%
pig	1,620,570	144,207	8.9%
chicken	600,423	1,041	0.2%
insects	4,493,137	1,864,326	41.5%
bacteria	1,266	1,012	79.9%
fungi	2,893,583	1,508,814	52.1%
plant	22,633,681	7,290,397	32.2%

To complete the above table, we need to count total records for each species in dbEST at current date. It's quite simple as the following: 1) choose a database, EST, on NCBI's front page; 2) press search button; 3) click advanced search; 4) choose an "Organism" field; 5) type "human" on query box; 6) click show index; 7) press "add to Search Box"; 8) press preview button (not search here), and 9) repeat for every species from 3).

Select DB of interest

In advanced search

Now you can validate your query word whether correct term in Entrez and then choose "human (10064832)" among drop items.

Here the number in parenthesis means number of entries for human organism. Please try yourself to choose "All fields" and same query, then compare the numbers. Maybe they are different counts, why?

One query was built and the results was stored as #4 symbol in Search History.

With repeats for every species, you can get similar results like the above.

Now we need to find whole numbers of EST for last 3 years. At first back to front page of dbEST and the click the limits link. Now you can see the following screen and choose proper items in "Published in the last", and then press search button. When you see a list page of results, click "advanced search" again. If you see similar page like the below, it's correct.

In this page, #11 query means total numbers of ESTs published for the last 3 years

To find human ESTs published for the last 3 years, you better to use an "AND" Boolean operator with shortcut symbol. That means to type query as the following then push the "Preview" button.

By repeating for every organisms, you might get similar results like the below. The growth rates for each organisms should be calculated by your self.

Out-focusing of Lens

2010-11-08T10:00:00.010+09:00

Photo 1. A toy car, a trial of out-focusing

Yesterday I went to a photo studio, LemonTerrace Dongtan-branch, to take pictures of my son for celebrating the first birthday of him, "Dol", a Korean word. The host of the studio, a specialist of camera, taught how to use my DSLR camera (EOS1000D) in details. Especially he demonstrated the out-focusing technique in case-by-case. A simple protocol for the beginner of DSLR user is the following; (1) Set 'Av' mode of your camera, (2) Set max number of ISO, my case is 1400, (3) adjust the distance between the camera and the subject as close as possible, (4) check shutter's speed by half pressing shutter button, (5) the speed should be lower than 1/60, (6) if too lower eg. 1/125, change ISO to be lower, (7) if higher speed, adjust the distance or set higher ISO, and (8) take a picture by full pressing. And he highly recommended for me to change my camera lens for portraits, 30 mm f/1.4. The studio facilities and peoples gave me very good impression.

Photo 2. Eunchae, my daughter, is cooking

Photo 3. Eunwoo, my son.

Protocol : Out-focusing using Cannon DSLR

Set 'Av' mode of your camera
Set max number of ISO, my case is 1400
Adjust the distance between the camera and the subject as close as possible
Check shutter's speed by half pressing shutter button, thenthe speed should be lower than 1/60
if the speed is too lower then 1/60, eg. 1/125, change ISO to be lower, eg. 400.
if higher speed, adjust the distance or set higher ISO
take a picture by full pressing.

END.

How to find a long indel from Nsp2 alignment

2010-11-03T19:50:00.002+09:00

Motivation
Zhou et al. presented that an unique 30-amino-acid deletion in Nsp2-coding region is a key feature to classify whether a strain is a highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSV). And the Nsp2, nonstructural protein 2, has been shown to undergo remarkable genetic variation, primarily in its middle region, while exhibiting high conservation in the N-terminal putative protease domain and the C-terminal predicted transmembrane region (Han et al. 2007). This post aims to show how to find a quite large deletion in a specific coding-region with positional tolerance.

Figure 1. The 30-Amino-Acid Deletion in the Nsp2 of Highly Pathogenic PRRSV.
(Zhou et al. 2009)

Method and Implementation
Pairwise alignment between a sequence of interest and a reference sequence (ORF1a of VR-2332 strain) is an essential step for finding insertions and/or deletions, shortly indels. The two sequences were aligned with BLAST (Altschul et al. 1999), exactly saying bl2seq with blastx program because my query are assumed as DNA sequences from clinical samples. Remind that global alignment like ClustalW (Thompson, J.D. et al. 1994) is not suitable for this case. The reason is that query sequences were quite shorter than a reference sequence. After blasting two sequences, a Perl script using BioPerl parses a report file from BLAST and evaluates whether indels' position and size is tolerable for user's constraints.

A format of BLAST (bl2seq) result consists of several sections including a summary of query, alignment reports for each HSP (high scoring pair), parameters, and statistics. An example part of the result is shown as the below; Each subject begins with a symbol, ">", accession number and description are followed. In next part, summary statistics for each HSP are written, including bit score, E-value, identities, etc. Actual alignment between the query and subject are described in the last part. These format of data are repeated for all HSPs and subjects.

Figure 2. An example BLAST's result of the deletion in Nsp2.

Bio::SearchIO module supports to read and write search results in various file format of biological applications such as BLAST, FASTA, HMMER, Sim4, etc. Basic parsing a file from BLAST was done by Bio::SearchIO functions and I recommend to read a HOWTO document on the BioPerl. A next step is to extract a quite large indels from HSP alignment information.

At the first time I thought too pedantic to implement this problem --- this is why I write this post. An example of too much 'pedantic' idea is like this; calculating % gap for each columns, cut-off with a specific threshold, finding a series of deletions without break using graph, and evaluating each deletions. It's too much complex! I stop my work. After drinking a cup of coffee, I considered it again in mind of "Perl script should be Perlish".

The following code is to get a string containing a alignment of query sequence potentially including indels marked as "-".

my $query_alignment = $hsp->query_string();

Now I can use super strong features regular expression of Perl for find a series of indels; this codes extracts positions of start and end residues for all possible long indels, which are referred to a reference sequence. And also indels is constrained with minimal length of deletion.

my ($ref_start, $ref_end) = $hsp->hit->strand < 0 ?
   ( $hsp->hit->end,
   $hsp->hit->start ) :
   ( $hsp->hit->start,
   $hsp->hit->end );

while( $query_alignment =~ /(\-{$threshold_length,})/g ) {
   $indel_start = $-[1] + $ref_start;
   $indel_end = $-[1] + $ref_start + length($1) - 1;
   $indel_length = length($1);
   push @indels, [$indel_start, $indel_end];
}

Further filtering constraints were implemented and passed from arguments, threshold % indentification (-p), expected start position of indel (-s), expected end position of indel (-e), and tolerant positional error(-d). Sample result is shown as the following:

[bckang@gxs ~]$ ./gvs_find_indel.pl nsp2.blsx -s 921 -e 949 -d 15
#Mutation dectector's parameters: p=30 s=921 e=949 d=15
>AAO13191(NA_prototype)
920 948 29
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)
>AAO13191(NA_prototype)

It is true the simplest way is the best. Also it is better way that Perl is supposed to be Perlish and Python looks like Pythonic.

References

Zhou, L. et al. (2009) The 30-amino-acid deletion in the Nsp2 of highly pathogenic porcine reproductive and respiratory syndrome virus emerging in China is not related to its virulence. J. Virol. 83(10):5156-67.
Han, J. et al. (2007) Identification of Nonessential Regions of the Nsp2 Replicase Protein of PRRSV Strain VR-2332 for Replication in Cell Culture. J. Virol. 81(18):9878-90.
Wikipedia: PRRSV.
Altscul, S.F. et al. (1999) Basic local alignment search tool. J. Mol. Biol. 215:403-410.
Thompson, J.D. et al. (1994) CLUSTAL W: improving the sensitivity of progressive multiple sequence alignment through sequence weighting, position-specific gap penalties and weight matrix choice. Nucleic Acids Res. 22(22):4673-4680.
Perl, http://www.perl.org
BioPerl, http://www.bioperl.org

Running X-Window application without a screen

2010-11-02T09:51:00.010+09:00

Batch processing of beautifying phylogenetic trees
I prefer to use treedyn when I decorate many number of phylogenetic trees at one time. In use on Linux desktop, my Perl script works well to convert from raw trees to beautified trees. However, it was stopped at running of treedyn because Tcl of treedyn essentially required a DISPLAY of X-Window when the script was integrated into an Web application.
Xvfb (X virtual framebuffer) presents a virtual screen for user or program, which works only on memory not real video device. And xvfb-run.sh, a script of Xvfb, is an utility for command line program.

$ xvfb-run.sh my_script.pl -infile tree.phy -outfile tree.ps

Please see details of xvfb-run.sh in Dascalita's very concise post.

Additional comments
Chevenet, the author of treedyn, and Christen recently published ScripTree that is more flexible and functional program for script developers. This ScripTree is also required to use Xvfb in case of background execution without a screen even the program presents built-in CGI interfaces.

References

F. Chevenet, http://www.treedyn.org/
Wikipedia, X virtual framebuffer
D. Dascalita, Building a Flex project with Maven using Hudson on CentOS
F. Chevenet and R. Christen, http://phylo.lirmm.fr/scriptree/

스마트폰을 바꾸다. 삼성 블랙잭에서 구글의 넥서스원으로

2010-07-21T14:46:00.000+09:00

애플의 아이폰4를 기다리다가 지쳐 결국은 안드로이드 폰으로 교체를 했습니다. 그전에 쓰던 스마트폰은 삼성의 블랙잭으로 MITS 사용자 포럼에서 WM6.2 롬을 업그레이드후에는 그럭저럭 쓸많했지만, 너무 힘겨운 웹 브라우징과 안스러운 카메라 기능 때문에 기종 변경을 결심했습니다.

잠시, 블랙잭에서 주로 사용하던 어플리케이션을 살펴보면,

주소록 관리 : 구글 Contact 연동으로 800건 가까이 되는 연락처를 관리했습니다. 기본 주소록에서 초성 검색이 잘되는 편이고, 롬 업그레이드 이후에는 속도도 만족할 만 했습니다.
전자우편 : 구글 Exchgane 서버를 이용한 Gmail연동을 주 메일 관리자로 사용했습니다. 쿼티자판이 있어 꽤 편리하고 빠르게 글을 작성할 수 있었습니다.
트윗 : MoTweet을 이용했는데, 글 작성은 편리했지만 작은 스크린 때문에 가끔 긴 글을 읽을 때는 스크롤 경계에서 읽기 어려운 경우도 많았고, 사진을 업로드하면 아주아주 오래 걸리거나 먹통이 되는 경우가 많았습니다.
페이스북 : 마이크로소프트에서 제공하는 Facebook 어플리케이션을 이용했습니다. 주로 읽기 전용이였고, 글 작성은 대부분 PC에서만 했습니다.
음성녹음 : 지금 세 돌, 7개월 된 아이들의 목소리를 녹음하는데 사용했답니다. 아이들의 목소리를 그들이 컸을 때 들려주고 싶더군요. 전화벨 소리로 지정하는 것도 쉬워서 꽤 재미있는 전화벨 소리를 세팅할 수 도 있었답니다.
검색 : 구글 어플리케이션을 설치했습니다. 미국 사이트로 들어가야 어플리케이션을 다운 받을 수 있었답니다. 급한 키워드 검색과 지도 검색은 꽤 요긴하게 사용했습니다.
카메라 : 카메라 화질이 나빠서 가끔 사용했습니다. 동영상도 찍기는 했지만 PC로 다운 받는 것도 번거럽더군요.

이렇게 정리하다보니 나름 블랙잭을 십분 활용했다는 생각이 드는군요. 100메가 데이터에 대해서 매월 5000원의 정액요금을 냈지만 한번도 용량을 초과한 적은 없습니다. 이렇게 제대로 활용했지만 최소 3일에 한번씩은 오동작을 해서 재부팅을 해야하는 것과 풀브라우징을 못해서 이메일이나 소셜 네트워크의 링크를 확인할 수 없는 것은 너무 불편하더군요.

아무튼 이제는 넥서스원으로 전향을 하고 첫 사용후기를 쓴다면,

편리한 점

PC 싱크가 불필요 : 전 음악이나 동영상을 다운 받아서 플레이하지 않기 때문에 스마트폰 사용과 관련된 모든 것이 넥서스원 상에서 다 해결되더군요. 물론 PC에 있는 미디어를 일부 옮기고 싶을 경우에는 USB를 연결해야 겠지만 제가 활용하는 범위에서는 거의 그럴 이유가 없을 같습니다. 이 건 정말 편리합니다.
카메라 : 다른 스마트폰과는 비교할 수 없지만, 예전 것에 비해서 너무 좋아 졌습니다. 그리고 무엇보다 사진을 찍은 다음에 바로 웹으로 전송할 수 있어서 관리하기 쉬워졌습니다.
소셜네트워크 : 다양한 어플리케이션이 있어서 입맛에 맞춰서 쓸 수 있겠더군요. 그리고, 다른 분들이 올린 링크를 풀브라우징할 수 있으니 예전의 블랙잭은 반쪽 자리였다는 생각이 들었습니다.

불편한 점

전화걸기 : 이건 기본 기능이라고 생각드는데, 넥서스원의 전화걸기 UI는 너무 생경합니다. 적응하는데 시간이 많이 걸릴 것 같네요.
터치키보드 : 블랙잭의 쿼티자판을 쓰다가 이 걸 써보니 너무 불편하고 적응이 어렵습니다.
배터리 : 착탈식이지만 구매시에 추가 배터리가 기본으로 제공되지 않습니다. 새로 구매해야하는데...

앞으로는 차근 차근 어플리케이션을 최적해 시켜보면서 활용도를 높여가야할 것 같네요.

말을 배우기 시작한 은채의 낱말 사전

2010-05-18T11:31:00.006+09:00

30개월을 막 넘기시작한 첫 째 딸, 은채는 두 음절 이상은 어려워하는 것 같다. 요즘 주로 하는 말들과 그 뜻을 정리해본다. (언젠가 아이 크고나서 이런 날들을 잊고 싶지않아서 남기는 포스트..)

아깜~ : 아, 깜짝이야!
씨꺼 : 시끄러워 (주로 TV 소리가 클 때)
고마~ㅂ: 고맙습니다.
은채민 : 은채 비타민(약국에서 파는 뿡뿡이 비타민류를 말함)
피커 또는 티커: 스티커
알탕 : 사탕
초쿄 : 작고 검은색 종류의 먹을 수 있는 모든 것 (심지어 홍삼, 청국장환 등)
이야 : 은우. 아내와 내가 "은유야~"라고 부르는 것이 이렇게 들리는 모양이다.
태~ : 책
라멘 : 라면. 꽤 정확한 일본식 발음을 한다. ㅎㅎ
아이스미 : 아이스크림 (응용사례: 초코아이스미)

저녁 식단 걱정

2010-01-17T14:50:00.003+09:00

이제 갓 두 돌이 지난 큰 아이와 지난 달에 몸을 푼 아내...

오랜만에 매콤한 부산식 돼지 두루치기가 먹고 싶다고 한다. 총각시절에 몇 번 해봤지만 모두 실패해서 왠지 걱정되어, 다시 구글링을 했다.

미즈의 삐삐언니 - 일단 사진이 내가 먹던 것과 가장 비슷했다. (참고로 구글링에서 가장 먼저 나온 페이지!)
다음 지식 - 사진만 봐서는 조금 팍팍한 느낌! (댓글에도 내 생각과 동감하는 글이 있군!)

몇 가지 다른 페이지도 있지만, 약간의 재료 차이만 있다. 한 블로그에서는 소주를 듬뚝 넣고 볶는 다는 점이 인상적이였다.

일단 대략의 요리방법은 기억해두었지만, 이제 막 식탁에서 엄마, 아빠와 같이 먹기를 좋아하는 딸이 먹을 만한 요리를 동시에 할수 없을까 고민이다.

먼저 떠 오른 것은 돼지를 후추, 다진마늘을 조금 넣고 맥주에 익혀서 기름빼고, 다시 굽거나 매운 양념을 빼고 볶아주는것... 아니면 그대로 수육으로 먹을까?

돼지두루치기

양파, 당근, 대파, 느타리버섯, 청양고추도톰하게 썰어 준비하구요
고추장+고춧가루+설탕+물엿+후추+다진마늘+간장+참기름 넣어 양념장 만들어 고기를 재웁니다
잘 안익는 당근과 양파는 고기랑 같이 볶을거니깐 같이 양념에 버무려 주세요
기름 없는 팬에 재워둔 고기 볶다가 고기가 익으면 버섯, 대파, 청양고추 넣고 슬쩍 볶아 불 끄세요. -미즈의 삐삐언니

두루치기는 단맛이 조금 나는 게 좋은데, 이 때 설탕이나 물엿을 쓰지 않고 매실액기스를 쓰면 고기도 부드러워지고 아주 순한 단맛이 나서 너무 좋다!

게으름이란

2009-10-08T03:40:00.002+09:00

게으름이란 천(千)의 얼굴을 갖고 있다. 꼭 빈둥거리는 것만이 게으름은 아니다. 방향성 없이 똑같은 하루를 반복하고, 중요한 일을 뒤로한 채 사소한 일에 매달리고, 완벽주의라는 덫에 빠져 결정을 끊임없이 미루고, 늘 바빠 보이지만 실속은 없고, 똥줄이 타야만 일이 되고, 능력이 됨에도 불구하고 도전하지 않는다면, 당신은 게으르다.

- 문요한 "굿바이, 게으름"중에서 -

가장 행복한 프로그래머들의 언어, Perl?

2009-09-04T14:56:00.001+09:00

"The Programming Language with Happiest Users"라는 재미 있는 블로그 포스트를 접하게 되었다. 트윗터의 글을 분석하여 코볼, 루비, 포트란, 파이선, 비주얼 베이직, 펄, 자바, 학셀, 리스트, 씨 언어를 이용해서 개발하는 프로그래머들의 긍정적 감정 지수(positive sentiment; 행복도?)를 계산해본 것이다. 물론 저자도 밝히고 있지만 학문적으로 엄밀한 계산이라기 보다는 개괄적인 방향성을 파악할 수 있는 정도일 것이다.

결과는 가장 낮음 점수를 받은 것 부터 보면, (도표 보기 인용: http://assets.doloreslabs.com/images/LangSent.png)

코볼 (꼴찌)
씨 언어 계열 (C, C++, objective-C, C#)
비주얼 베이직
포트란
파이선
루비
학셀
자바
리스프
펄 (1등)

결과에서 코볼이 가장 낮은 것으로 나온 것은 쉽게 긍정할 수 있다("."를 빼먹어서 수 백개의 에러 메시지를 받아 보신다면 쉽게 이해하 실 것 같다). 그리고 펄이 1등을 차지 했다.

위 개발언어 목록에서 Turbo C 2.0, Borland C++, VB 6.0, Perl을 가지고 제품수준의 개발을 해봤고, 요즘 Python을 배우는 경험으로 내 마음속의 순위를 매겨 보았다.

4. Borland C++
3. Turbo C
2. VB
1. Perl

재미있게도 위 순위가 맞아 떨어진다. 참, 여기서 파이선은 아직 공부중이라 순위에 넣지 못했다.

펄이 구세대라는 딱지가 붙어 있고 한국에서는 애호가(?)들이 작은 편이지만, 사실 펄을 이용해서 개발할 때 어떤 자유로움을 느꼈었다. 코딩을 하다보면 "$"가 많아져서 보기에는 불편하지만 CPAN의 무궁무진한 라이브러리와 잘 정리된 문서들이 내가 해결해야할 문제에만 집중할 수 있도록 뒷바침해준다.

사실 구세대 언어라는 딱지도 펄 입장에서는 조금 억울할 것 같다. Examples of Modern Perl에 최근 펄의 변화된 모습을 보실 수 있다. 특히 Moose의 OOP 지원은 전혀 다른 펄을 느끼게 한다.

꿈

2009-09-02T21:22:00.000+09:00

하바드 대학교 도서관에는

"지금 잠을 자면 꿈을 꿀 수 있지만, 깨어서 공부를 하면 꿈을 이룰 수 있다."

라는 글이 신입생들에게 전해지고 있다고 한다.

허망한 것에 시간을 뺐겨서

정작 중요한 것에 소홀히하지 않고,

깨어서,

나에게 주어진 것들을

누리며 살자.

꿈은 먼 곳에 있지 않다.

다시 블로그를 시작합니다.

2009-08-28T14:54:00.000+09:00

고향인 부산에서 수원으로 이사오고, 투 잡스에서 하나의 직장으로 정착하면서 한 동안 개인 블로그에는 신경 쓸 여력이 없었다. 그 사이에 첫 딸 "은채"가 태어났고, 연말에는 둘 째 아이를 만날 것이다.

새로운 마음 가짐으로 다시 블로그를 시작하고자 한다.

리폼요리 - 볶음국수

2007-12-27T17:04:00.000+09:00

얼마전에 장인어른과 처제가 집에 찾아 온다는 연락을 받고, 급하게 점심준비를 하게되었다.

원래 면류를 좋아하시는 장인 입맛과 오실 시간을 맞춰 장만할 요량으로 국수를 준비했다.

세 자매의 맏인 아내는 손이 커서 항상 푸짐하게 요리를 준비한다. 이날도 역시 꽤 많은 국수와 육수, 계란 지단, 나물이 남아 버렸고 손님들은 모두 댁으로 돌아가고...

결국 저녁도 국수를 먹을까라는 생각을 하다, 일본의 볶음국수(야키소바)가 떠올라 만들어 봤다. 정말 간단하지만, 남은 국수꺼리를 재활용하면서 새로운 맛을 느낄 수 있다.

준비물 (모두 남은 음식들이다)

국수
지단, 나물 등 국수에 얹어 먹는 것들
새콤한 김치 (취향에 따라...)

요리법

프라이팬에 기름을 충분히 두르고 열을 가한다. (올리타리아 해바리기씨 기름을 쓰면 충분히 둘러도 전혀 느끼하지 않다!)
지단과 나물을 넣고 살짝 볶다가,
김치를 넣고 볶는다.
김치가 익으면 국수를 넣고 소금이나 취향에 따라 간장으로 간을 맞추며 볶는다.

출산준비물

2007-12-17T21:23:00.000+09:00

출산과 육아에 필요한 물품리스트를 만들어 봤습니다. 형식은

물품명(권장수량)

입니다. 아래 물품에서 필요한 것만 고르거나 주변에서 얻으면 좋겠지요.

신생아의류

배내 저고리(3~5)
우주복(2~3)
내의(3~4)
신생아 모자(2)
보행기 신발(2)
기저귀(20~30)
기저귀 커버(3~5)
손,발싸개(2)
턱받이(3)

침구류

속싸개(2~3)
겉싸개(1)
이불,요세트(1)
방수요(2)
담요(1)
짱구베개(1)
좁살,숯베개(1)
모기장(1)
범퍼(1)
매트리스커버

수유용품

젖병 작은것(3)
젖병 큰것(6)
유축기(1)
소독기(1)
젖병브러쉬(1)
젖병집게(1)
분유케이스(1)
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유모차(1)
카시트(영유아공용)

동글이

2007-12-17T21:03:00.000+09:00

우리 아이의 태명은 동글이이다. 처음 초음파 사진에서 동그란 점으로 보여서 불렀는데 이제는 한 참 커서 눈, 코, 입이 다 생겼는데도 아직 '동글이'라고 부른다. 동시에 큰바위 얼굴인 우리 친가쪽 유전자를 닮지 말고, 자그만하고 동그란 얼굴을 가졌으면 하는 바램을 덧 붙였다. 물론 건강하게만 태어나고 자라는 것 만큼으로도 충분하지만...

비스타에서 사용자 계정 컨트롤 중지시키기

2007-12-10T17:09:00.000+09:00

얼마전에 레노버X60 테블릿 노트북을 사면서 비스타 사용자가 되었다. 사실 소문난 잔치에 먹을 것 없다고 했던가, XP로 다운그레이드하고 싶은 마음이 많지만 테블릿 기능이 비스타에서 더 안정적이라는 이야기에 계속 비스타를 사용하고 있다.

뱅킹을 제외하고는 대부분 인터넷 접근은 파이어폭스를 사용하고 있는데, 문제는 파이어폭스를 매번 실행시킬 때 마다 비스타의 '사용자 계정 컨트롤(UAC; User Account Control)'에 의해서 대화상자를 뜨는 것이다. 귀차니즘으로 그냥 사용하다가 오늘에서야 UAC 기능을 정지시키는 방법을 찾았다.

실행상자 열기: 윈도키 + "r" key를 누르면 실행상자가 열림.
msconfig실행: 실행상자에서 msconfig를 넣고 엔터
시스템구성: "도구" 탭을 클릭하고 "UAC 사용 안 함"을 선택하고 "시작" 버튼 클릭
재부팅

출처: http://www.softdistrict.com/turning-off-user-account-control-in-vista.html

장미의 이름

2007-12-09T21:01:00.000+09:00

올해 내내 잡고 있던 움베르토 에코 <장미의 이름>을 읽고 있다. <누구를 위하여 종은 울리나를 묻지 맙시다>를 부산과 서울을 오가는 열차안에서 단숨에 읽으면서 에코의 책을 처음 접하게 되었다. <누구를...>를 읽을 때는 지난 대선기간이였는데, 정치, 사회, 종교에 대한 거침없는 그의 필치가 나의 투표에 영향을 줬다는 것을 고백하지 않을 수 없다. 올해 다시 대통령을 뽑는 해에 그의 책을 또 접하는 것은 무슨 뜻이 있는지...

한 보름이면 다 읽을 요량으로 <장미의 이름>을 상권과 하권을 동시에 사서 읽기 시작했다. 그게 늦봄이 였는데, 이제 상권을 다 읽고 하권의 페이지를 넘기고 있다. 이책은 한 동안 책을 읽지 않다가 다시 중간에서 읽으면 전에 읽었던 내용을 쉽게 기억하기 힘들다. 책속 인물들의 이름이 호르헤, 베렝가리오, 아드소 등 쉽게 기억하기 힘든 것도 있지만, 무엇보다도 14세기 유럽의 정세와 종교, 사상, 철학에 대한 이야기들이 아시아에 사는 나에게는 낮설은 내용이기 때문인것 같다. 결국 나는 아직 상권만 두 번 읽는데 6개월이 넘게 걸렸다.

장황하게 소개되는 아드소의 심리와 윌리암 신부의 세계관을 읽고 있노라면 김용의 무협소설을 처음 읽는 느낌이다. 찰나의 순간을 몇 페이지나 할애하는 김용의 길고 긴 문장들... (그러나 그 문장에 익숙해지고 나면 헤어나올 수 없는 재미가 있지 않는가?)

사실 책을 사기전에 숀 코너리가 윌리암 신부로 주연한 영화 <장미의 이름>을 보고 싶은 마음에 인터넷을 열심히 찾아 봤지만, 오래전에 나온 영화라 쉽지 않았다. 아직 읽는데 속도가 붙지 않지만 손을 땔 수 없는 묘한 재미가 있다.